在堂姐的介绍下，1904年，陈君起进入了位于上海的务本女塾求学。务本女塾是中国最早的女子学校之一，也是现在的上海市第二中学的前身，由开明绅士吴馨先生所创办。

吴馨，字怀久，上海黄城厢人，早年就读于龙门书院。1902年10月，吴馨将家塾迁至上海小南门内花园弄，扩大规模，改名务本女塾。该校“以修明女教、开通风气为职志”，认为“女学乃教育之基本也”，故取名为“务本”。学校事务由吴馨亲自打理，并邀请由陆仲炳、陈菊生等任专任教员，沈颂平、沈权逵、沈硕庵、王季贞、陈景韩等任义务教员，挚友南洋中学校长王培荪的夫人沈竹书出任学监，妻子葛尚平担任副学监。

务本女塾首次招生，仅有7名学生，第二年便达40人，之后便以数倍增加。学校学制设寻常、高等二科，分甲、乙两级，后又添设特班，为年纪较大的学生所设置。1903年，吴馨先生与王培荪赴日本，先后考察了弘文书院、日本大学高等师范科、东京高师附小、青山师范等学校的教学制度、课程内容后，对务本女塾进行了教学改革。他在学制上作了较大变动，改特班为师范科，分甲、乙二级，兼设中学一级。1904年，又添租乔家浜，设幼稚园。随着学生人数猛增，原有校舍不敷应用，因此，又陆续添租俞家弄、大南门口民房为校舍，后统迁至西门外生生里，购置黄家阙旧营地，建筑新校舍。

务本女塾诞生于20世纪初的上海，是有一定的社会背景因素的。西方教会女校的创办影响，加之爱国人士对于女子教育的提倡作为思想基础，推动了一股民办女校兴办热潮。“上海自十九世纪六七十年代以后，由西语西学为中心的新知识系统、西书报刊及学校为载体的西学传播网络、社会生活与商务活动的实用需求为社会基础、士商合一的新知识群体、西语西学热形成的西学时尚氛围等，共同构成了一个新知识生态空间。”作为中国接受西方文化最前沿的上海，有着最深厚的西化氛围，形成了华洋杂处的文化环境。而政治的相对稳定，经济的繁华，知识阶层的云集等因素综合，使上海成为最为集中的试验地。这里同期还诞生了蔡元培等人创办的爱国女学、杨白民创办的城东女学等一批女子学校，它们都成为推动上海女子接受新式教育的重要平台。

早期的民办女校教育，并未全盘西化，在学习教会学校教育模式的基础上，“礼失求野，势不能不采人所长”，大多有着“中西合璧”的指导思想，甚至开设成人班级，以教授家务内政和传统道德为重要内容。这也反映出新式教育在适应当时社会教育主体所作出的缓冲和折衷努力。这种初期的教育方式，“‘保存礼教’与‘启发知识’相提并论，已然是为新式教育留下了立足于生长的必要空间。而日益扩展的新教育最终必将突破旧道德的规范，又是可以预期的前景”。

务本女塾禁止学生崇尚奢华，提倡朴实，“帽鞋衣裤，宜素净雅淡”，“脂粉及贵重首饰，一律不许携带”；并提倡学生放足，“学生天足者不得复行缠足，已缠者应逐渐放宽”，改革封建陋习，解放女子天性的举措。学校纪律严明，设置了十条“课堂程约”，详细规定了上课时学生应遵守的各项规章秩序。学校的日常教学秩序井然，规模完备，影响力也日益扩大。

著名文人、后来任学校临时教员的包天笑曾这样评价吴馨先生创办的这所学校：“他所办的务本女塾，学生最多，规律最好，因为那个时候，男女同学，还不曾流行。上海早有一个中西女学，是美国教会办的，但教会气息太重，于是群趋务本女塾。他的学堂，开在西门，是华界不是租界。有许多家庭，为了要送女孩子入学，都住到西门去，以至一时蔚为风气，西门的女学堂也便多起来了。”上海地方志也曾这样记载：“本邑女学颇见兴盛，最著名者，莫如务本女塾，为吴君怀疚所毁家兴办者。”学校的受欢迎度可见一斑。

陈君起就读于务本女塾师范科。由于父亲断绝了她的经济供给，她的生活也十分清贫艰难。她只能依靠母亲偷偷地汇款和表姐家的接济来生活。但生活的清苦并未消殒她内心灼热的求知欲。她深知自己求学机会的来之不易，也更明白自己唯有努力学习，才能获取将来自我独立的能力和资本。于是，她将自己的一腔热情投入学习的自我加压中。她内心清晰地知道，自己选择了一条注定叛逆的艰辛道路。回家的路已经斩断，倔强自强的天性也不允许自己被偶尔的思念和丝丝缕缕的回忆所困扰；最重要的事，便是把握当下。

在务本女塾，她接触到了比南翔小镇私塾更为广阔的天地和新鲜自由的空气。由于学生多出身较好，在进学之前已经有一定的文化基础，因此，学校的教育“并非为了培养下层妇女所需的基本读写计算能力，而是从创办伊始即引导学生追求较高层次的学问”。学校的课程设置十分广泛，师范科涵盖伦理、教育、国文、和文、理科、算术、地理、历史、图画、唱歌等领域，课外还有体操、手工、音乐项目。在这里，不仅有传统的国文讲读、习字、文法、作文和本国历史地理知识，还有外国近现代历史、外国绘图、儿童心理及教育、生理卫生等课程，培养学生各方面的综合素质和文化内涵，挖掘学生各方面的兴趣爱好和个性特征，也使陈君起接触到更多学科领域的知识。

在日常教学中，学校老师不拘泥于教科书，注重理论联系实际。如对于理科教学，老师会罗举例证，取材于实际实物，以增强学生的感性认识；对于女子教育，老师常以家庭事务为联系，囊括种种，从衣服材料、居室通风、照光装置、燃料发热到食物滋养价值等等，给学生以系统而具体的讲解。

为丰富学生的休闲娱乐活动，提升身体素质，促进学生德、智、体全面发展，学校还定期召开运动会，组织各学科学生开展多种形式的比赛。如1905年10月召开的秋季运动会中，不仅有跳绳、跳舞、庭球、连球体操、裁缝竞争等内容，还设置了趣味运动项目，如剖梨竞走、算数竞走、抛球竞争等，调动学生的积极性。

务本女塾规范的教学秩序、完备的教学课程和积极的学习氛围，都为陈君起的学习生活创造了良好的条件。天性的刚强和对于新文化、新知识的渴求，使她浑身充满了源源不绝的学习动力，也有着孜孜不倦的学习热情。在校期间，她结识了许多与她年龄相仿的女子，同学曾琮便是其中一个。曾琮也生长于一个封建大家庭，母亲早逝，继母刻薄凌厉，早年有着痛苦的经历。在社会新浪潮的影响下，她也勇敢走出家庭，来务本求学。类似的经历使两人十分投缘，她们也成为无话不谈的挚友。她们共同学习，闲暇时讨论着形形色色的各类话题，从家庭知识到社会状况，从师范文理到世界大势，内容广泛，生动活泼，也培养了融洽的友谊。对陈君起而言，学习本身已超越了谋求技能本身，而升级成为一种自然乐趣和自我提升的内在需求。

当时的中国社会，依旧笼罩着民族危亡的阴影。先进的知识分子为女性的自由解放大声疾呼，提倡兴办女学，试图将女性从男性的压迫中解救出来，给予她们应有的权利和地位，其最终目的是为了唤醒女性，使她们积极投身到救亡图存的洪流中，从而为政治上的民主革命服务。1903年，清末著名革命家金天翮发表《女界钟》，反对以强国保种为目的的“贤妻良母”教育观。他认为，对妇女进行各方面培养与教育的目的应是“教成高尚纯洁、完全天赋，摆脱压制、自由自在，思想发达、具有男性，改造风气、女界先觉，体质强壮、诞育健儿，德性纯粹、模范国民，热心公德、悲悯众生，坚贞激烈、提倡革命之人”。

众多女学的兴起和发展，也让不少知识分子对于女学生寄寓了希望。如《女子世界》刊登的《论中国女学不兴之害》一文中，作者写道：“吾尝考验女学生之性质，而知年幼女子之锐敏于学，远过于男学生；而其感觉之灵捷，爱力之团结，则又非男子之性情涣散、各私其私之可比。则信乎中国女子非不可教，惜其埋没数千年，虽有英杰之姿，亦不可得见”；“吾国女子，正宜奋发其争存之能力，规复天赋之权利，以扫除依赖男子之劣根性，各自努力于学问，以成救国之女豪杰，夫而后中国或有可望也。”

比起当时上海其他教会学校的教育，除了传统的温良恭俭让的道德灌输，务本女塾还注重对于学生的民主启蒙。刘王立明曾将清末的教会女学与私立女学进行对比，指出教会学校“毕业之女生，虽其间不少浮华之辈，偏重欧化，不谙国情，而多半能吃苦耐劳，注重家事，对于社会事业，有极浓厚的兴味”。而国人自办的务本和爱国“两校的课程完美，教授有方，所以毕业的女生大多数能应对国情，参加种种爱国及妇女解放运动”。如1905年的《女子世界》曾记载，有三名务本女学生参加当年7月9日上海妇女抵制美货大会，公开演说，并为抵制美货出谋划策。女学生张昭汉还在《争约劝告辞》中，对社会运动中“女界独寂然无闻”表示“悲而恧”，反诘：“女子岂非国民乎？岂无血气者乎？”

据吴若安回忆，务本“学生的爱国热情很高，渴望妇女解放之心情也很强烈”，“同学们有一个共同理想，希望中国妇女有朝一日，得到解放，能与男子平等，同为社会服务，为国家工作”。这种积极参与社会政治的活跃与学校开明的氛围和老师的引导不无关联。

最让陈君起印象深刻的，是一位地理老师。这位老师早年参加过同盟会，有着浓厚的民主思想。课堂上，老师不仅讲授地理知识，给学生们介绍祖国的大好河山和壮丽风景，更是结合时事延伸到满清政府的腐败无能、丧权辱国、割地赔款，激烈的思想和言论引起了陈君起的思想共振。这不仅激起了她对于地理知识的兴趣，也激发了她的爱国热忱。

此外，学校也注重引导女性适应现代社会生活，以职业教育为导向，注重培养她们自治和社会工作的能力。学校的教育内容中，除家政事务有关内容以外，现代科学知识居于十分重要的地位，涵盖人文、自然科学各个门类；针对师范科，设置了实习的实践项目，让师范科甲级生参与练习管教务本幼稚园中的孩子，这都是锻炼学生适应现代职业的表现。这也为陈君起走向社会独立生活打下了深厚的基础。

务本女塾的良好教育环境，诞生了诸多知名校友，如近代才女、章太炎夫人汤国梨，我国著名教育人士吴若安、俞庆棠，曾任北京女子师范大学校长的杨荫榆等。学校自成立到改为上海县立第一女子高等小学及县立务本女子中学为止，共办12年，培养毕业生271人。而在清末民初女学繁兴、师资奇缺的背景下，女校毕业生们也成为女子教育的主力。毕业后，许多学生都从事教育工作，如万竹小学“女校教员多出自务本女塾”，成为推动地方女子教育的实践者。