一、南京国民政府的建立

在蒋介石发动四一二事变之前，国民党中央根据当时的形势，已经于1927年4月7日做出了迁都南京的决定。4月13日，汪精卫还就二届四中全会的会期致电南京。然而，四一二事变的消息传到武汉，迁都之事只能暂停。蒋介石等人要利用党的会议为其行动“合法化”，他们于4月14日在南京召开部分中央执行、监察委员会议，坚持要于4月15日召开国民党二届四中全会。

4月15日，由于在武汉的中央委员未到南京，无法凑够召开中央全会的基本人数，在南京的国民党中央执行、监察委员便改开“谈话会”，商讨应付之道。就在这天的“谈话会”上，做出了重要的决定，要在南京另行建立国民政府，与武汉国民政府相对立。次日，胡汉民在“谈话会”上提议召开国民党中央政治会议，决定大政方针。由于中央政治会议的召开远比中央全会来得容易，成员组成也较为随意，胡汉民的提议实际上是要解决在多数中央委员未出席的情况下，建立南京国民政府的合法性问题，故得到在场者的通过。4月17日，由在宁部分国民党中央政治会议委员参加的中央政治会议举行，会议推胡汉民为中央政治会议主席，钮永建为国民政府秘书长，由蒋介石提议加派萧佛成、蔡元培、李石曾、邓泽如、何应钦等9人为中央政治会议委员。会议正式决定三项：政府的印文为“中华民国国民政府印”，也即政府全称为“中华民国国民政府”；“国民政府于4月18日上午9时，在南京开始办公，并举行庆祝典礼”；“中央党部及国民政府委员全体参加市民庆祝活动”。

4月18日，南京国民政府举行成立典礼，由蔡元培代表国民党中央授印，胡汉民代表国民政府受印，选定胡汉民、张静江、伍朝枢、古应芬为南京国民政府常务委员。庆祝典礼上还举行了阅兵式。胡汉民发表演讲，“号召国民革命军将士一致拥护蒋总司令”。当天，还召集了“庆祝国民政府建都南京与恢复国民党党权大会”，蒋介石、胡汉民等出席并演讲。会议通过了《取缔跨党分子、从事“清党”、审查武汉非法决议案》、《请汪兆铭、谭延闿来南京行使职权》等案。

为确保南京国民政府的“合法性”，4月18日当天还发表了包括《中国国民党中央执行委员会政治会议宣言》、《国民政府奠都南京宣言》和《国民政府告国民革命军全体将士文》在内的几个文件。《中国国民党中央执行委员会政治会议宣言》强调了“清党”的必要性与重要性，表示“既今以往，本党益当努力于党权之集中，组织之精密，纪律之严森，信仰之统一”，继续清除“反革命派”与意志不坚定的“同腐分子”。 《国民政府奠都南京宣言》称，由于南京在党务、政治、军事和地理等方面均较武汉的地位重要，“政府谨遵总理遗志，接受多数同志之主张，依据中央政治会议之决议，于4月18日在南京开始办公”。“定都之后，本政府所负领导国民革命与建设民国之责任，愈益重大。”南京国民政府的目标是，“秉承总理全部遗教，继续努力，一方面集中全国革命分子于三民主义之下，共同奋斗，务使一切帝国主义、残余军阀及一切反革命派断绝根株；尤须于最短期间开国民会议，废除不平等条约，实现三民主义，务使中华民国成为独立自由的国家，中华民族成为自由平等之民族，同享民有民治民享之幸福”。《国民政府奠都南京宣言》还宣布了其施政的“四大方略”：“一曰使革命军愈益与人民密切地结合；二曰造成廉洁之政府；三曰提倡保护国内之实业；四曰保障农工团体之利益并扶助其发展。”

南京国民政府的建立过程相当匆忙，原有的国民政府委员及部长大多在武汉，故政府多数机构是其后逐步建立起来的，政府成员也多是新任命的。4月19日，南京国民党中央政治会议决定建立外交部与财政部，分别由伍朝枢、古应芬任部长。交通部是5月建立的，由王伯群任部长。6月，又设立大学院，由蔡元培任院长，设立司法部，由王宠惠任部长。8月，设立了民政部，由薛笃弼任部长。 政府的格局逐渐完善起来。

要巩固新建立的南京国民政府，军队的支持是非常必要的。《国民政府告国民革命军全体将士文》要求军队“各以至诚为党国努力”，接受蒋介石等人的领导。 蒋介石则连续发表文章与谈话，一面标榜自己率兵北伐，转战数千里，“每每身先士卒，早把生死置诸度外” ；一面谴责武汉党部与政府“抗命改组”，通过“卖党卖国之非法决议”，要求停止其职权，交南京方面行使，表示“中正统率全军，誓死服从中央命令与决议”，听从南京国民政府指挥。 南京的国民党中央政治会议又通过《中华民国国民政府军事委员会组织大纲》、《国民革命军司令部组织大纲》等文件，赋予身为总司令的蒋介石很大的权力，不仅编入作战序列之陆海空军均归其统辖，未列入之作战各军其也有权“咨请调遣”。国民政府派民政、财政、交通、外交等部负责人组成战时政务委员会，也受总司令指挥，“处理作战区域之政务”。与此同时，在南京的军队将领于4月20日召开了军事会议，会后由杨树庄、何应钦、白崇禧等领衔通电，否认武汉党部与政府，“拥护南京中央党部与国民政府”。所有这些，都表明南京国民政府急切希望得到军队的支持，也在一定程度上确保了蒋介石对军队的控制。南京遂有足够的力量与武汉分庭抗礼。

南京国民政府虽提出一些具体的施政政策，但实际上列为其首要工作的是继续“清共”。南京国民政府除通电声明“接受”南京中央政治会议《查办共党分子案》外，并发出《秘字第一号命令》，缉拿中共的重要领导人及“附共分子”。密令诬称中共“破坏国民革命之进行”，“肆行残暴，叛党叛国，罪祸贯盈……祸有甚于洪水猛兽”。“查此次逆谋，实以鲍罗廷、陈独秀、徐谦、邓演达、吴玉章、林祖涵等为罪魁，以及各地共党首要，次要危险分子，均应从严拿办。”因而命令“国民革命军总司令、各军政长官、各省政府，通令所属一体严缉，务获归案重办”。密令还附有所要通缉的共产党员及“附共分子”197人的名单。 南京政府随即在所控制的东南各省继续以消灭共产党为目标的“清党”运动。

1927年4月26日，南京国民党中央常务委员会通令各级党部“彻底实行‘清党’”，并积极拼凑“清党”理论与着手建立统一的“清党”机构。不久即制定出“清党”原则六条。5月17日，由邓泽如任主席的国民党中央“清党”委员会正式成立，委员会下设秘书、情报、审查三处。不久，又成立“清党”审判委员会，负责审判各处捕送的“清党”对象。 “清党”委员会又制定了《清党条例》11条，主要内容包括：中央“清党”委员会负责办理“清党”工作，组织各省市县的“清党”委员会，决定各地的“清党”开始与结束之时间；“清党”期间停止入党，全体党员须填表交各地“清党”委员会审查；审查结果报中央“清党”委员会再行审查，合格者方得新的党证；对阻碍“清党”进行者，得通知军警或行政单位“严刑缉拿”。 南京国民党中央将共产党与土豪劣绅、贪官污吏、投机分子、腐化恶化分子同列为“清党”对象，是别有用心，借此来掩饰其对共产党的残酷镇压。胡汉民明确表示，“干脆地说，这次‘清党’，就是要消灭中国共产党” 。在各地的“清党”运动中，有许多共产党人被捕被杀。

蒋介石、胡汉民等人在南京建立的国民政府，是凭借军事实力建立在“四一二”、“清共”基础上的，是当时政治军事形势发展与蒋介石个人权势扩充后的产物。它与尚在实行“联俄联共”政策的武汉国民政府对立，推行旨在消灭中国共产党的“清党”政策，造成了国民党的重大分裂，是中华民国史上的一个重大事件。它不仅使得顺利进行的北伐事业受到重大挫折，也使得蒋介石个人在国民党内的地位益形突出，影响更大，为其后确立统治地位奠定了基础。