冯达飞到了广西南宁后，正处在百色起义前夕，人多武器短缺。虽然张云逸以南宁警备司令的职权，接管了广西桂系军阀军械库，但库里堆满的全是残缺不全的枪炮武器。这些武器经过修复后，能否派上用场，对起义胜败关系重大。在这关键时刻。邓小平把这一修复任务交给了冯达飞。冯达飞接受任务后，带领一支30多人的精干队伍，把铺盖和炊具都搬到军械库，他们食宿和工作在一起，夜以继日，争分夺秒地抢修。冯达飞凭借他在国外深造时学到的修理机枪、飞机和火炮的过硬技术，经过10多个昼夜重新组装，终于在起义的前夜，抢修组装出长短枪1000多支，轻重机枪20余挺，迫击炮5门，山炮5门。冯达飞受到张云逸高度赞赏：“冯连长，我代表党感谢你，你为即将开始的百色起义立了头功啊！”

1929年12月11日清晨，在百色城上空，升起了一面镰刀锤头的大红旗，旗帜上写着：“中国工农红军第七军”，宣告百色起义和红七军的诞生。

那天，冯达飞身穿军装，扎上武装带，颈系红绸巾，高唱“国际歌”，带领队伍抬着迫击炮、重机枪，肩扛轻机枪、步枪，步伐整齐地经过粤东会馆东门广场，接受邓小平、韦拔群、张云逸、李明瑞等领导检阅，受到成千上万群众热烈欢迎。

百色起义取得胜利后，党组织决定接着在龙州成立红八军，举行武装起义，使左右江地区20多个县连成一片，根据地迅速扩大。红七军为了进一步发展壮大，命令第1和第2纵队挺进桂黔边界。这时候冯达飞已由连长、营长晋升为第2纵队司令员。

1930年6月，红七军主力到外线作战，当冯达飞率领2纵队回师百色城下时，城内碉堡林立，敌人纠集1000余人进行抵抗。冯达飞带领部队向敌人发起猛烈进攻时，突然发现城北有一个碉堡还在喷出火焰，一批批战士倒在碉堡前。如果在黄昏前不把这个碉堡拿下，主力到来时就会付出更大代价。在用重机枪和迫击炮久攻不下的情况下，冯达飞命令暂停攻击，并亲临前沿进行侦察，发现这个碉堡是用钢筋水泥构建的，用重机枪和迫击炮强攻不会奏效。他立即回到前线指挥部，找到张云逸和李明瑞研究商量，提出把山炮调上来，实施水平射击。张云逸问：“山炮在哪里？”李明瑞说：“山炮在山下，我们组织战士把它抬上来，但只剩下三发炮弹了。”张云逸说：“必须弹无虚发，发发命中目标，确保把这个碉堡炸掉！”李明瑞说：“没问题，冯达飞是留苏高材生，相信他是有把握的。”于是他便下达命令把山炮拉上来。冯达飞和李明瑞指挥着战士们，拉的拉，推的推，把山炮拉到山顶后，亲自架好炮，把炮口对准碉堡。由于器材设备不齐全，他利用在陆军测绘学校学到的目测技术，用手臂和眼睛测定了距离、方位后，扬起手臂叫了一声“准备——放！”转眼间，只见第一发炮弹呼啸着向前飞去。“轰隆”一声，就把敌人碉堡炸开了一个缺口，接着第二发、第三发炮弹又命中了目标，把这个碉堡炸毁了。埋伏在碉堡附近的攻击部队一跃而起，猛烈地向敌人冲去，迅速突入城内，把残敌消灭了。冯达飞用三发炮弹，精准地炸毁了敌人的主碉堡，被战士们誉为“百发百中”的神炮手。