治理边疆
当然，清朝国家的形成绝不止用兵边陲。对大清君主来说，同样具有挑战意义的是，如何治理好这个幅员辽阔且经济、人口、文化和宗教差异甚大的国家。能否将国家的不同部分凝聚在一起，使国祚延绵不断，端看统治者有无能力在如此多样的族群中间塑造自己的合法性，使之产生对朝廷的认同，这要比单纯使用暴力驱使被征服的民众更为重要。
从平等到臣属：清代的边疆
在边疆扩张的过程中，清朝统治者也在调整他们与蒙古人、藏人的关系。先前无论是对抗还是结盟，双方的关系都是平等的。以漠北、漠西蒙古为例。在征服这些地区的蒙古部落之前，清廷将其视为域外势力，与漠南蒙古区分开来。清朝与漠北、漠西蒙古的关系承袭明朝的模式，仅仅满足于后者称臣纳贡。作为一个曾经的部落国家，清初统治者时常会对这些蒙古部落所发出的与清朝平起平坐的要求，以及用“蒙古礼”或“蒙古之例”对待清朝来使以示双方关系对等的做法，表示宽容（ QSL ，康熙102：21－7－乙卯；康熙22－7－戊戌）。同样的情况还发生在1720年代之前清廷与西藏的关系中。尽管清朝宣称对西藏享有政治上的至高地位，但也容忍事实上的平等关系（张永江2001：89，92）。不过，在完成了第二波扩张之后，清朝统治者开始改变他们与蒙古人、藏人之间的相处模式，从平等关系转变为垂直关系，通过建立政治和道德权威的方式，形成中央与边缘的格局。喀尔喀蒙古贵族在1691年后即放弃旧有的对待清廷的礼数，转而采用“三拜九磕”的礼仪，可为这种从平等到不平等的转变做一注脚（ QSL ，康熙151：30－5－丁亥）。这种转变同样发生于清廷与西藏首领之间。早在1652年，当满洲贵族建议顺治帝前往边地，亲自欢迎达赖喇嘛来访时，即有汉人大臣提出异议，认为这种做法无法体现出皇帝乃“天下国家之主”的地位（ QSL ，顺治68：9－9－壬申）。
虽然清廷用儒家道德秩序来建构中央与边疆之间的等级关系，使之符合中国政治生态中特有的礼仪传统，但它并未把内地的一套行政制度加诸边疆各地，也不对边疆各族群宣扬儒家说教（Rawski 2004：229），而是创造了一种不同的管理模式，允许蒙古和西藏首领享有一定程度的自主权，管理地方行政事务；与此同时，清廷向边疆各地派驻军队，任命或认定其宗教及世俗首领，由此彰显中央的最高权威。蒙古各部在先后臣服清廷后，按照满洲的制度，被整编为“旗”，分布在戈壁以南（49旗）、以北（86旗）、以西（16旗）及青海，各部落首领被任命为旗主即札萨克，直接受位于京师的理藩院管理。在旗之上有地区范围的“盟”。理藩院不仅任命和监督旗主和盟主，还要确立不同旗之间的边界，设立卡伦或鄂博，有士兵巡逻，以保障各旗的部落和牧群的安全，避免相邻各旗逾越牧场。
对于清廷来说，将蒙古划分为不同的旗、盟，还有一个重要目的，即“众建而分其势”（柳岳武2009：65）。被任命为旗主和盟主的蒙古王公各自独立，直接受到理藩院的管控，使得蒙古各部很难形成合力威胁北京。为了保卫边地，确保蒙古精英的臣服，清朝政府还在蒙古人的聚居区派驻由不同等级的军官统领的军队，如掌握最高军事和行政权力的乌里雅苏台将军，及其两位僚属，分别驻扎科布多和库伦（乌兰布托），以控制外蒙古；另设伊犁将军监控漠西地区。
清廷处理和藏人关系的方式，则和上述情况有所不同。在1720年前后两次用兵将准噶尔军队驱除出西藏之后，清朝将西藏置于直接的控制之下，包括在拉萨永久驻军，在西藏任命驻藏大臣，管理新组建的地方政府，即所谓噶厦。1793年，驻藏大臣的权限进一步扩大，有权监督选择转世灵童（达赖喇嘛和班禅额尔德尼）的宗教仪式。但是，清朝仍然允许西藏享有比蒙古和新疆更大的自主权。最典型的例证是，它从来没有将西藏如蒙古那样，分成不同的行政单位，由理藩院直接掌控（张永江2001：129），而是保留了西藏的世俗政权，以方便统治整块高原。对于西藏和蒙古的不同处理方式，反映了清廷对这两块边疆地区的不同考虑。对待蒙古，尤其是内蒙古，由于地理上距离京师很近，在战略安全方面具有特别重要的意义，因此清朝要对这一地区实施更严密、有效的控制。西藏则远离政治中心，将之分为若干区域，由中央直接加以控制，在战略上意义不大，地理上不太方便，财政上也似乎并不划算。因此，清廷允许西藏世俗政权在治理整个高原方面享有较大的自治权。
在清朝统治者看来，西藏的重要性不仅在其作为缓冲区，分隔了内地各省与域外世界，更重要的是，西藏是喇嘛教的发源地，庇护和弘扬喇嘛教是防止内外蒙古离心离德的关键。但是，由于喇嘛教在西藏和蒙古具有支配地位，清廷还努力防止喇嘛教成为一个统一的宗教组织，与朝廷分庭抗礼。因此，清廷意味深长地鼓励不同流派的藏传佛教在不同地区发展，由此削弱达赖喇嘛的影响力，后者曾经是整个西藏和蒙古地区的最高宗教领袖（柳岳武2009：65—66；赵云田1995：55—56）。
此外，1759年，在平定了穆斯林叛乱之后，清朝将南疆各地的维吾尔人置于不同层级的伯克（共有328人）的控制之下。这些伯克同样受理藩院管治（王东平2005）。为了防止当地穆斯林势力坐大，清廷禁止阿訇介入伯克的行政管理之中；这一政策和西藏、蒙古又有不同，后两者允许喇嘛教领袖参与行政事务。此外，清廷还采取措施，将汉人移民和穆斯林分开，禁止他们通婚，避免出现两个群体潜在的纷争（杨恕、曹伟2008）。
所有蒙古旗主、盟主以及维吾尔伯克，皆须在每年12月到京师参加朝觐（或年班）；未能亲自到朝廷汇报者，将会受到惩罚，停发俸禄。西藏的达赖和班禅则可每两年派遣特使朝觐一次（参见张双智2010）。
连结边疆各地的喇嘛教
除了通过行政和军事手段控制边疆，清廷还以喇嘛教作为精神纽带，把蒙古人、满人和藏人连结在一起，促使他们成为多族群国家的组成部分。清朝统治者对于喇嘛教的态度是讲求实用的。在后金和清初，女真/满洲首领对于喇嘛教并不感兴趣，甚至反感，认为蒙古人正是因为沉迷于这种“奢靡”和“惑众”的宗教而走向了衰落。然而，皇太极随后对于建立与达赖和班禅的紧密关系表现出浓厚的兴趣，派遣使者去西藏，邀请西藏喇嘛教代表来盛京（今沈阳，1644年前为清朝都城），这是因为他看到了喇嘛教能够作为一种有效的手段，赢得蒙古人的支持，有助于建立同盟关系，达到抗击明朝的战略目的。与此同时，由于喇嘛教虔诚信众脱离生产，不结婚生育，满人统治精英还把喇嘛教视作控制蒙古人势力壮大的有效手段；事实上也是如此，在整个清代，无论外蒙古还是内蒙古，人口都一直在下降（田雪原2002：109）。 [1] 因此，在取代明朝之后，顺治帝延续了庇护喇嘛教的政策，1652年邀请五世达赖喇嘛来京，以隆重礼仪待之，目的是巩固和漠南蒙古的关系，并且把尚未归顺的漠北喀尔喀蒙古争取过来。次年，顺治帝在达赖喇嘛返藏之时，对其赐予极尽溢美之封号。此后，历代达赖喇嘛均获得清廷的正式册封。
事实证明，清朝皇帝以“护法之主”自任的做法很有效果。喀尔喀王公均为喇嘛教信众，由此很快跟清廷建立起藩属关系，向清帝呈献“九白之贡”（一匹白骆驼加八匹白马）。后来，康熙帝对西藏和蒙古的宗教领袖采取“分而治之”的策略。他特意提高了扎纳巴扎尔（1635—1723）即喀尔喀蒙古的藏传佛教格鲁派精神领袖一世哲布尊丹巴呼图克图的地位，以抵消达赖喇嘛的影响。这一措施让噶尔丹治下的准噶尔蒙古极为不满，因为达赖喇嘛是噶尔丹的支持者。准噶尔随即于1688年侵犯喀尔喀。扎纳巴扎尔则成为喀尔喀蒙古1691年归顺清朝的关键人物（商鸿逵1982：110—111）。一世哲布尊丹巴呼图克图之所以让喀尔喀归顺清朝而不是俄国，宗教和文化的因素在其中起很大作用：“北方名俄罗斯之黄契丹可汗之朝，虽云康平大国，而佛法未兴，衣襟左向，不可与之。南方黑契丹可汗之朝，平安康泰，且佛法流通，故前往归附满洲大可汗，佛法振兴，仓廪丰盈，恩赐礼仪并举，遂享康乐安宁。”（妙舟2009：5，17）值得注意的是，准噶尔尽管与清朝长期对峙，但依然能从宗教的角度把俄国与清朝区别开来，在顽强抵抗俄国入侵的同时，不时地维持着清朝的属国地位。即便是在与清军开战，噶尔丹仍在1688和1690年声称“中华与我一道同轨”（ QSL ，康熙146：29－6－甲申），因此“我并无自外于中华皇帝、达赖喇嘛礼法之意”（ QSL ，康熙137：27－11－甲申；参见郭成康2005：8）。事实上，正如上文所示，隐藏在噶尔丹和康熙帝军事对立背后的原因之一，是通过不同的藏传佛教领袖来影响喇嘛教信众，以此确立各自的政治支配地位。
因此，喇嘛教在17世纪后期到18世纪中叶清朝国家的构建过程中，起到了关键作用。就清廷而言，对喇嘛教精神领袖表示尊重，维持彼此间的紧密关系，对于培植自己的“软实力”、赢得蒙古人和藏人的支持，是最为有效的手段。当然，军事行动对于将蒙古和西藏纳入版图同样必要，甚至具有决定性意义。宗教和用兵因此成为清朝开疆拓土，控制蒙古人、藏人及其他游牧部落聚居区域的两个不可或缺、互相补充的因素。由清朝建立起来的内亚国家，因此可以被定义为军事—宗教联盟，朝廷依靠战争作为重要手段，将以往的属国和地缘对手变成自己的边疆，同时，喇嘛教所具有的文化和宗教特性，有助于新纳入版图的族群对朝廷产生认同。当然，需要重申的是，清朝统治者对于喇嘛教的庇护和弘扬是功利性的，只有在意识到它对边疆治理有用时，才会这样去做。他们自己并不信喇嘛教，也没有将其向满人或内地传布的意图。当地缘对手被击溃、边疆获得巩固之后，统治者继续支持喇嘛教的兴趣大减，代之以日渐严厉的限教措施。宗教在清朝国家形成过程中所起的作用，跟它在诸穆斯林帝国崛起过程中所扮演的角色完全不同。
总而言之，对于清廷来说，边疆各地的重要性并不完全相同。其中最为重要的是满人与漠南蒙古之间的联盟以及京师在地理上所依托的内蒙古的战略安全。其次是西藏。西藏的战略安全和对朝廷的臣服，对于控制漠南蒙古至关紧要，这是因为藏传佛教构成了连接满族和蒙古王公的精神纽带。最后是新疆和外蒙古。它们之所以重要，是因为这些地区的稳定与否，直接影响到了西藏和内蒙古的安全。无论如何，上述各边疆对于清廷来说，都有一个共同的目的，即为扩大和再定义了的“中国”提供地缘安全的必要保障。因此，它们的作用是工具性的，与内地各省相比，其重要性也是次要的。内地各省毕竟维系着满人统治中夏的合法性和财源，决定了国家能否长治久安，因此构成了大清的核心地区。因此，如何治理汉族地区，成为对清朝统治者最具挑战性的议题。
[1] 据冯玉祥称，“蒙古本有一千二百万人。在满清长期统治之后，今已减少至五十万人。满清利用喇嘛教以统治蒙古人民。凡有兄弟八人者，七人须当喇嘛；兄弟五人者，四人须当喇嘛；仅有一人可为娶妻生子的平民”（ FYX ：412）。冯玉祥无疑夸大其词（清末民初内外蒙古的实际人口在160万以上，见田雪原2002：109），但也反映了民间对喇嘛教的负面认识。
